Джиро 1940 года должна была для Бартали стать триумфальной, но не стала....В команде появился Фаусто Коппи. На равнинном этапе Джиро Бартали упал, возможно, для него ещё не всё было потеряно, но директор команды сделал ставку на молодого Коппи, так как тот шёл выше в генеральной классификации. И Бартали повторил судьбу своего капитана Гуэрры, который пожертвовал всеми шансами на успех в 1936 ради его победы. Война разлучила соперников.

Бартали оставался в Италии. Поклонником его таланта был Бенито Муссолини, что сыграло решающую роль в судьбе Джино. Прославленный спортсмену предоставили свободу передвижений, чтобы он мог сохранять свою физическую форму, проводя тренировки по собственному усмотрению. И Бартали использовал своё имя, чтобы спасти сотни людей. Подвиг, о котором узнали только в 2000 году. Имея возможность беспрепятственно ездить из Флоренции через Тоскану, Умбрию, Марке, Рим, он прятал и перевозил в своём велосипеде документы, необходимые для создания фальшивых паспортов для спасения итальянских евреев, приговорённых к смерти и сообщения для Итальянского Сопротивления. Обычно утром Бартали покидал родную Флоренцию, притворяясь, что едет на тренировку, доезжал до тайного убежища, где прятались еврейские семьи, собирал их фотографии и возвращался к Джорджо Ниссиму, бухгалтеру из Пизы, организатору спасения. Кроме того, Бартали использовал своё положение, чтобы узнать о возможных рейдах фашистов в убежища. Ни фашистская полиция, ни военные не решались вызвать недовольство Муссолини и поэтому Бартали, в майке, на которой было написано его имя, никто не останавливал для проверок. Было подсчитано, что таким образом с сентября 1943 по июнь 1944 им было спасено около 800 человек.

К соревнованиям Бартали вернулся в 1945. Ему был 31 год, Коппи - на пять лет моложе. И началась настоящая дуэль, продлившаяся до конца карьеры Бартали.

В 1948 году Бартали оказался спасителем порядка в Италии. Шёл Тур де Франс. Возвращение на эту гонку принесло и радость и боль утраты от того, что более двадцати гонщиков, которых он хорошо знал, погибли на войне. Тур начался, а Бартали никого не мог узнать в пелотоне. Во время гонки в Италии был ранен лидер итальянской коммунистической партии, начались страшные беспорядки. Тогда же Бартали позвонили во Францию, сообщив о ситуации в стране, грозившей переворотом, и сказали: « Италия нуждается, чтобы Бартали сделал то, что у него лучше всего получается, выиграл несколько этапов». И вот в разгар парламентских дискуссий, грозивших взрывом в стране, в комнату заседаний вбегает человек и кричит: « Бартали выиграл Тур де Франс!» Все начали поздравлять друг друга, забыв о разногласиях, дальше произошло чудо, раненый лидер коммунистов пришёл в себя и выжил после ранения. Через всю страну прокатилась радостная волна, всё успокоилось, кризис был преодолён.

Но один из самых знаменитых моментов их дружбы-соперничества был запечатлён на Тур де Франс 1952 года. Во время этапа через Лозанну и Alpe d' Huez Коппи захватил жёлтую майку лидера. На тяжелейшем подъёме на Галибье фотограф Карло Мартини поймал момент, когда два вечных врага обменялись бутылкой с водой.